PEPR Agroécologie & Numérique
BioinfOmics coordonne le projet infrastructure « Le numérique comme levier pour l’agroécologie et l’alimentation durable » au sein du PEPR Agroécologie et Numérique. Ce projet, nommé BReIF, consiste à développer une e-infrastructure avec un impact carbone maîtrisé au service des projets de bioinformatique du PEPR. En se basant sur les ressources et expertises des partenaires et en particulier de BioinfOmics, le projet mettra en place :
- l’infrastructure numérique nécessaire à la gestion FAIR des données et à leur analyse
- des formations à l’utilisation de ses outils et services.
L’e-infrastructure contribuera également à une partie des analyses du projet pilote AgroDiv, qui a pour objectif de caractériser la diversité génomique des espèces d'élevage, et de proposer des liens avec le phénotype. BioinfOmics travaillera notamment autour de l’assemblage et l’annotation des pan-génomes étudiés.
BioinfOmics participe au projet MuDiS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR data in Life and Health Science) financé dans le cadre du PIA3 ESR/Equipex+. Ce projet, d’une durée de 8 ans (2021-2028), est porté par l'Institut Français de Bioinformatique et regroupe 39 équipes de 14 organismes, 4 data centres nationaux, 7 data centres régionaux, et 6 infrastructures nationales productrices de données. Il vise à déployer une infrastructure numérique mutualisée sur l’ensemble du territoire et à orchestrer les flux de données de biologie-santé tout au long de leur cycle de vie depuis leur production jusqu’à leur exploitation. Il permettra notamment d’équiper les plateformes partenaires afin d’accueillir et/ou de développer les outils et les expertises pour accompagner les communautés biologie-santé concernant la gestion, l'analyse et le partage de leurs données dans un cadre FAIR. Les axes de développement portent sur la biologie intégrative, l'interopérabilité des données et des codes ainsi que sur les plans de gestion des données exploitables par machine (maDMP). Dans ce projet, BioinfOmics est l’un des contributeurs du NNCR (National Network of Computing Resource), est impliquée dans 3 des 4 workpackages et dans la coordination du cas d’étude “Agriculture & Environnement” (IS5) qui porte de manière plus spécifique sur les données produites dans le cadre des projets d’analyse des holobiontes.
BioinfOmics est impliqué dans le Grand Défi Ferments du Futur lancé en septembre 2022 et porté par INRAE et l’ANIA. Ce programme qui allie public et privé sur 10 ans doit permettre de mobiliser les techniques naturelles de fermentation pour accélérer la révolution agricole et alimentaire au service d’une alimentation saine, durable et traçable. Un effort de recherche important, intégré et à haut débit, est ainsi proposé pour mieux comprendre les relations entre la matrice alimentaire, le processus de fermentation, les microorganismes et l'hôte, et ainsi prédire et inventer de nouveaux ferments. L'objectif est de développer des stratégies moins empiriques et plus axées sur la connaissance pour l'élaboration et la conception de nouveaux aliments fermentés.
Quatre axes scientifiques complémentaires ont été définis : (1) interactions micro-organismes et matrices alimentaires, (2) interactions micro-organismes et hôte, (3) processus de fermentation innovants et (4) science des données et intelligence artificielle. BioinfOmics est chargée de mettre en place l’e-infrastructure